EndNote kan diverse bestandsformaten importeren; het bestandstype .enw is speciaal bestemd voor gebruik in EndNote. Het bestandstype .ris is algemener van aard en wordt zonder problemen door EndNote geïmporteerd. RIS staat voor Research Information Systems.
Beide bestandstypen bieden op zeer gestructureerde wijze de bibliografische gegevens om later citaties en referenties mogelijk te maken.
Hieronder staan voorbeelden van een document in de beide formaten:
Voor .enw is het document als volgt opgebouwd:
en voor .ris:
In principe hoef je de inhoud van deze bestanden niet te bekijken. Enkel in geval dat er een foutmelding wordt gegeven, kun je in het desbetreffende bestand kijken of je een foute notatie ziet, en dat mogelijk zelf corrigeren. Een dergelijk bestand kun je dan openen met Notepad of Notepad++ , waarna je het aanpast en opslaat.
